ZIPファイルにパスワードを設定し、その展開にパスワードを要求することができます。
JAR (Java Archive) 形式のファイルはZIPフォーマットで圧縮されているため、jar.exeを利用することでコマンドプロンプトなどからファイルを圧縮することができます。zip - How to unzip a file using the command line? - Stack Overflow
たとえばFolderNameというフォルダを、そのフォルダごとにsample.zipというファイルにまとめるならば、
C:\>jar cfM sample.zip FolderName
のようにします。このときMオプションを指定しないと、マニフェスト ファイルが格納されたMETA-INFフォルダが自動で作成されます。今回のようにZIP圧縮が目的ならば不要な情報のため、このオプションも指定するようにします。
jar.exeで圧縮すると、日本語を含むファイル名が文字化けすることがあります。そのような場合でも展開に使用するアーカイバを変更することで、正常に展開できるようになります。たとえばExplzhならば、このような問題に対処できます。
jar.exe以外のツールについては、コマンドライン版 - 統合アーカイバ・プロジェクトで紹介されています。