インストールされているフォントは、コントロールパネルの【デスクトップのカスタマイズ → フォント】または、%WINDIR%\Fontsで確認できます。
このときグレーアウトして表示されるのは、アプリケーションのフォント選択画面で表示されないように[非表示]に設定されているフォントです。Windows TIPS:フォントの「表示」設定を変更してすべてのフォントを表示させる - @IT 打越浩幸 (2013/03/08)
フォント ファイルを右クリックし[インストール]を選択することで、そのフォントをインストールできます。またはフォント ファイルを開き、表示されるプレビューで[インストール]をクリックしても同じです。フォントをインストールまたは削除する
通常はフォントの管理画面で、対象ファイルを選択して削除できます。その方法が適用できない状況では、コマンドプロンプトを管理者として起動し、delコマンドで削除します。対象となるフォントのファイルは、%WINDIR%\Fontsにあります。Windows7のフォント上書きインストールはファイルを削除していない - itouhiroメモ
フォントリンクの設定は、レジストリの[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\FontLink\SystemLink]から行えます。設定値は、
MEIRYO.TTC,Meiryo,128,85
のようなもので、
ファイル名,フォント名,スケーリングファクター
の形式です。Globalization Step-by-Step: Fonts | MSDN
※FirefoxやThunderbirdでは、この設定は機能しません。