基本的なプラグインは最初から同梱されており、それはインストールフォルダのMergePluginsにあります。4. Available plugins - Plugins - WinMerge Manual
また読み込まれているプラグインは、メニューの【プラグイン → リスト (プラグインの設定)】から確認できます。
プラグインを大別すると、次の3種類に分類できます。
xdocdiff WinMerge Pluginを組み込むことで、WordやExcelなどの差分を表示できるようになります。