| コマンド | キー | 
|---|---|
| デバッグの実行 | F11 | 
| デバッグの再開 | F8 | 
| デバッグの終了 | Ctrl + F2 | 
| ステップ イン | F5 | 
| ステップ オーバー | F6 | 
| ステップ リターン | F7 | 
ステップ インなどの実行制御は、デバッグ ビューで選択されているスレッドに対して機能します。
|  | current instruction pointer (top of stack) | 
|  | current instruction pointer | 
|  | enabled line breakpoint | 
|  | disabled line breakpoint | 
|  | marks a breakpoint as skipped | 
|  | marks a line breakpoint as installed | 
|  | marks a breakpoint as conditional | 
|  | marks an entry method breakpoint | 
|  | marks an exit method breakpoint | 
ブレークポイント以外でも、設定によっては「捕捉されない例外」などで実行は停止します。その設定は、たとえばJavaならば、Preferencesの【Java → Debug】の[Suspend Execution]にある項目がそれです。
マーカーバーのコンテキストメニューの「Toggle Breakpoint」を選択するか、マーカーバーをダブルクリックします。もしくは設定する行にキャレットを移動し、Ctrl + Shift + Bを押します。

設定したブレークポイントは、マーカーバーに表示されます。Breakpoints - Help - Eclipse Platform
マーカーバーのコンテキストメニューの「Breakpoint Properties」から、ブレークポイントで停止させる条件を設定できます。

設定したブレークポイントは、ブレークポイント ビューで一覧できます。
JavaのデバッグではHotswap Bug Fixingにより、デバッグ中にソースコードを変更し処理を続行できます。Eclipse :Edit the source and continue debugging - Stack Overflow
この機能を利用するにはブレークポイントなどでアプリケーションが停止中にコードを変更し、保存後にデバッグを再開します。ただし停止している場所によっては、この機能を利用できない場合もあります。
ちなみにVisual Studioでは、同等の機能をエディット コンティニュと呼称しています。
既定では、ブレークポイントなどでアプリケーションが停止したときには、Debugパースペクティブが自動で開くようになっています。これを無効にするには、Preferencesの【Run/Debug → Perspectives】にある[Open the associated perspective when an application suspends]を[Never]にします。
既定ではDebugパースペクティブが開きますが、どのパースペクティブが開かれるかは、[Application Types/Launchers]の設定によります。