Compareは、2つのファイルを比較し差分を表示するプラグインです。
ちなみに比較を行うだけならば、WinMergeの方が比較の精度や使い勝手が良いです。
Notepad++ Plugins - Browse /ComparePlugin at SourceForge.net
メニューの【プラグイン → Compare → Compare】から実行します。
比較結果の閲覧はツールバーのボタンからも操作できます。