ファイル内に異なる改行文字が混在していると、ファイルを開いたときに「次のファイルの行の終わりは一貫していません。行の終わりを標準化しますか?」と確認を求められます。このとき、
のいずれかの文字を指定し[はい]をクリックすると、指定の文字に修正されます。またそのとき[常にこのダイアログを表示する]のチェックを外すと以後このダイアログは表示されなくなりますが、オプションの【環境 → ドキュメント】の[読み込み時に行の終わりの整合性を確認する]をチェックすることで再び表示されるようになります。[ドキュメント] ([オプション] ダイアログ ボックス - [環境]) | MSDN