PHP側からJavaScriptを制御するには、echoでscript要素ごとにJavaScriptのコードを出力します。このようにすることで、JavaScriptの処理を動的に変更できます。
たとえば、
<script type="text/javascript"> alert( "TEST" ); </script>
のようなJavaScriptのコードがあるものとします。このコードをPHP側から作成するには、
<?php echo <<<EOM <script type="text/javascript"> alert( "TEST" ) </script> EOM; ?>
のように、JavaScriptのコードをそのまま出力します。
変数も同様に、script要素の内容をechoで出力します。たとえばPHPの変数$aの内容をJavaScriptの変数aに代入するには、
<script type="text/javascript"> var a = <?php echo $a; ?>; </script>
のようにします。
逆にJavaScriptからPHPを呼び出すにはXMLHttpRequestを利用し、PHPのページをリクエスト先とします。