メニューの【ファイル → プロパティ】の[言語]タブで「保存時のエンコード」を[Unicode (UTF-8)]として、[BOM (バイト オーダー マーク) を追加する]にチェックを入れることで、UTF-8 (BOMあり) に設定できます。
【ファイル → プロパティ】の言語タブ
この問題は、Expression Web 4では解決されています。
検索対象を「すべてのページ」とした状態で置換を行うと、そのとき開かれていないファイルで置換が行われた場合に、そのファイルの文字エンコーディングがUTF-8 (BOMなし) に変更されてしまいます。
よってファイルの文字エンコーディングをUTF-8としている場合には、すべてのページを対象とした置換を行うべきではありません。
meta要素で文字エンコーディングが指定されていないUFT-8 (BOMなし) のPHPファイルは、保存時にUTF-8に変更されてしまいます。
これを回避する方法は、Expression Webを使用しないことです。PHPファイルは他のエディタ、たとえばNotepad++などで編集するようにします。