比較テキスト内でのコピー (マージ)
差異のある箇所で右クリックしたときに表示される[右にコピー]または[左にコピー]を実行することで、両方が同一内容となるように他方へコピーできます。
マージモード
編集モードからマージモードに切り替えることで、コピーしたい箇所でキーボードの→や←キーを押すだけでコピーされるようになります。他方で、このマージモードに変更されていることに気づかないと、勝手にコピーされて戸惑うことになります。2.2.1. Merge Mode - Comparing and merging text files - WinMerge Manual
このマージモードへは、メニューの【ファイル → マージモード】もしくはF9で変更できます。
マージモードが有効なときには、ステータスバーに「マージ (Merge)」と表示されます。