比較を行っているパスや設定を、プロジェクトとして保存できます。このプロジェクトを読み込むことで、同一のファイルやフォルダ同士をくり返し比較できます。
メニューの【ファイル → プロジェクトを保存】
保存内容の確認
保存できるのは左右のペインだけで、中央のペインも含めた3ペインの状態は保存できません。