「File is too big to be opened by Notepad++」として開けないときは、ファイルサイズが大きすぎます。ほかのアプリケーションで開きます。
保存時に「このファイルを別のプログラムで開いていないか確認してください。(Please check if this file is opened in another program.)」として、保存に失敗することがあります。そのとき別のプログラムで開いていないことが確かならば、そのファイルへの書き込み権限を確認します。
エンコードがUTF-8 (BOMなし) の文書を開くとき、そこにASCII以外の文字が含まれていないと、エンコードがANSIと解釈されます。この状態で保存するとエンコードがANSIとなるため、このファイルを読み込むツールによっては不具合が生じることがあります。
これを解決するには、環境設定の[新規作成]タブで[開いているANSIファイルに適用 (Apply to opened ANSI files)]にチェックを入れます。